Hi,
über die Qualität des Nexus kann ich Dir leider keine Auskunft geben. Was du wohl einsetzen mußt, ist ein Hi-Low-Konverter, da soweit mir bekannt vom Nexus "nur" das Lautsprechersignal kommt. Kauf einen Ordentlichen und am besten einen der ein Schaltplus generiert (gibt es auch nicht am Radio). Bei deinem Vorhaben dürfte da ja ein 2-Kanal-Konverter reichen.
Leg Lautsprecherkabel bis zu Endstufe und setzt den Konverter kurz vor die Endstufe, das sollte in dem Weg Störungen vermeiden.
Wenn du vollaktiv fahren willst, mußt du mindest noch ein zusätzlicher Lautsprecherkabel in die Türen ziehen.
Zur Dämmung: da ist wohl Alubutyl das Beste. Ich hab normale Bitummatten verwedet. Aber was ich mittlerweile von dem Alubutyl gelesen hab, würd ich das einstzen. Wohl weitgehend temperaturunempfindlich und wessentlich einfacher zu verarbeiten. Na ja vom Umfang her kann man fast nicht genug machen. Schau mal hier in den Bereich "Projekte & Umbauten", da findest du eine Beschreibung, wie du die Türverkleidungen abbekommst. Da kannst du dir schonmal ein Bild machen. Das Außenblech großflächig zu dämmen ist halt schon etwas aufwendiger.
Na ja dann brauchst noch Lautsprecheradaper... die einfachen Plasteringe bekommste ja überall oder machst dir welche aus MDF o.ä (aber mit Lack etc. vor Feuchtigkeit schützen), beides würd ich noch mit Bitummatten pimpen, also noch ein bissel Gewicht entgegensetzen... noch besser wäre natürlich ein entsprechender gedrehter Adapter aus Metall.
Stromkabel hab ich auf der Fahrerseite lang geführt... da ham 5m bis in den Kofferraum gereicht.
Die Größe des eingesetzten Hochtöners hab ich jetzt auf die Schnell nicht gefunden... mit ein "bissel" Basteln bekommt man aber auch 50mm-Dinger rein.
Ob ein Prozessor die grottigen Lautsprecherpositionen ausgleichen kann, kann ich aus Erfahrungsmangel nicht beurteilen. Der Mitteltonbereich verändert sich schon wie ich find recht ordentlich, wenn man den Arm mal anders positioniert... und ne richtige Bühne mag sich bei mir trotz besserer Lautsprecher (MB QUART PVF 216) auch nicht so recht einstellen... aber vielleicht läßt sich zumindest Letzteres mit einem Prozessor beheben.
Ich geh mal von aus, dass noch ein Subwoofer dazu kommt... würde sich doch zumindest anbieten, wenn schon mal alles liegt... und ein kleiner Kondensator schadet sicher auch nicht

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Falls du doch das Radio wechselst, brauchst du halt noch ein Can-Bus-Converter und einen Adapterrahmen (gibts fürn Zwannie beim Audi/VW-Händler)... wenn das Nachrüst-Radio nicht über den eigenen Rahmen herausragt (Vergleiche mal rein optisch Alpine und JVC, dann weißte glaube was ich meine) sieht es auch wirklich gut aus. Oder kauf ein Nachrüstgerät vom Dritthersteller (gibt welche von Pioneer und Zenec), aber so viel positives insbesondere von Zenec hab ich nicht gelesen. Eigene Erfahrungen hab ich da aber nicht.
ansonsten fallen mir so spontan keine weiteren Tipps ein

... aber Text ist ja fürs erste lang genug
Also schönen Abend noch
Gruß
David