Nachdem ich seit 1 Woche glücklicher Besitzer meines Octavia bin, habe ich mir meine Fragen (s.o.) zur Struktur der SD-Karte selbst beantwortet.
Für alle anderen, die es vielleicht noch interessiert:
Ich benutze eine 32GB SDHC-Karte Klasse 10 (angeblich) von Transcend. Ich habe Navi-Daten von Deutschland und Benelux drauf sowie ca. 25GB Musik. Die MP3s sind in ihrem jeweiligen Interpreten-Ordner, der im Root-Verzeichnis liegt. Die Playlists (wpl) liegen ebenfalls im Root-V.
Eine merkliche "Startverzögerung" durch einen langen Einlesevorgang findet glücklicherweise nicht statt.
-> Es ist also nicht mehr nötig, die MP3s im 9. Unterordner zu verstecken!
-> Playlisten vom Typ wpl funktionieren vom Root-Verzeichnis aus.

VG, palmchord
P.S.: Danke @Raducanu, sehe jetzt erst deine Antwort!